Odată cu începerea urmăririi penale de către organul de urmărire penală apare necesitatea controlului legalității acestor acțiuni. R. Moldova a aderat la standardele Consiliului Europei în domeniul respectării drepturilor omului. Conform acestor standarde legalitatea urmăririi penale trebuie să fie verificată la anumite perioade de timp sau la cererea persoanelor cointeresate.
Până la inventarea judecătorilor de instrucție toate verificările privind legalitatea urmăririi penale le efectua procurorul. Odată cu introducerea instituției judecătorului de instrucție această funcție a fost dublată și la moment după verificarea legalității de către procuror persoana cointeresată mai are o treapta de verificare la judecător de instrucție.
În cadrul urmăririi penale, organul de urmărire penală sau procurorul foarte des comit ingerința în drepturile și libertățile persoanei. Percheziția, ridicarea de obiecte, arestarea persoanei etc. ating într-o formă sau altă drepturile și libertățile oamenilor. În aceste cazuri persoana cointeresată poate cere judecătorului de instrucție, dacă nu este decacord cu concluziile procurorului, să se expună asupra legalității acțiunilor sau actelor organului de urmărire penală sau a procurorului.
Plângerea se depune la judecător de instrucție în baza articolului 313 CPP al RM și se examinează într-o procedură închisă. Judecătorul de instrucție fiind independent și imparțial se expune asupra plângerii după ce verifică și examinează probele prezentate de părți. Judecătorul poate recunoaște acțiunile sau actele a organului de urmărire penală sau a procurorului ca fiind ilegale și să oblige ultimii să elimine încălcările depistate.
Conform CEDO o ingerință în drepturile sau libertățile omului poate fi legală dacă urmărește un scop legitim, este prevăzută de lege, este necesară și proporțională într-o societate democratică. Judecătorul de instrucție trebuie să verifice anume aceste elemente. Dacă ingerința nu corespunde exigențelor legale aceasta se declară ca fiind ilegală și procurorul este obligat să înlăture aceasta încălcare.